Tại Đề cương dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Bảo vệ môi trường và các luật có liên quan đến bảo vệ môi trường, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã chỉ ra một số điểm bất cập trong cơ chế cấp giấy phép môi trường và quản lý hoạt động bảo vệ môi trường tại Việt Nam như:
Hiện đang có quá nhiều các loại giấy phép môi trường như: giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường, giấy phép xả thải vào nguồn nước; giấy phép hành nghề quản lý chất thải nguy hại; sổ chủ nguồn thải; phương án bảo vệ môi trường; kế hoạch quản lý môi trường. Điều này dẫn tới công tác quản lý, kiểm tra, giám sát việc tuân thủ các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các cơ sở trong giai đoạn vận hành đang được thực hiện với sự chồng lấn giữa nhiều công cụ.
Thực tiễn cho thấy các cơ quan quản lý nhà nước vẫn chủ yếu tiến hành kiểm tra dựa trên báo cáo sau đánh giá tác động môi trường. Tuy nhiên về mặt khoa học, báo cáo sau đánh giá tác động môi trường chỉ là một công cụ dự báo, phục vụ cho giai đoạn cấp phép cho dự án. Còn trong thực tiễn vận hành, các vấn đề môi trường của cơ sở hoàn toàn có thể có khác biệt so với dự báo trong báo cáo sau đánh giá tác động môi trường. Do đó việc kiểm tra và tiến hành các biện pháp cưỡng chế, xử phạt dựa trên báo cáo này sẽ có phần không hợp lý. Các nước tiên tiến trên thế giới đều không sử dụng báo cáo sau đánh giá tác động môi trường làm công cụ quản lý đối với các cơ sở đang hoạt động, mà hầu hết sử dụng các loại giấy phép môi trường (như tại Hoa Kỳ, Nhật Bản, các nước EU, Australia, Trung Quốc…)
Mặt khác, còn khá nhiều thủ tục hành chính khác trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trùng lặp về mục tiêu, nội dung, thẩm quyền (thực chất là một thủ tục) nhưng đang được quy định trong một luật hay bởi các luật khác nhau và theo đó được thực hiện theo các thủ tục khác nhau, gây lãng phí thời gian, chi phí xã hội. Ví dụ việc xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường tại Khoản 2 Điều 27 Luật Bảo vệ môi trường đã bao gồm kiểm tra, xác nhận hiệu quả xử lý hệ thống xử lý nước thải. Trong khi đó, Điều 38 Luật Tài nguyên nước cũng quy định về việc lập hồ sơ xin phép xả thải vào nguồn nước của chủ dự án. Hai giấy phép này gần như cùng một nội dung mà doanh nghiệp phải xin 2 giấy phép, gây tốn kém, lãng phí.
Do đó, để xây dựng một công cụ quản lý môi trường thống nhất cũng như đẩy mạnh quá trình cải cách, giảm thủ tục hành chính, Bộ Tài nguyên và Môi trường đề xuất bổ sung các nội dung về việc tích hợp một loại giấy phép môi trường thống nhất làm căn cứ để các cơ sở thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường và để các cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm. Các quy định này sẽ thay thế toàn bộ các nội dung về giấy phép, thủ tục về môi trường đối với cơ sở trong giai đoạn hoạt động đang được quy định tại nhiều Luật và văn bản hướng dẫn khác nhau.

Lê Thắng